기독교의 정신을 바탕으로 이론과 과학적 방법을 탐구하고, 지도적 인격을 도야하여 인류 문화 향상에 기여함을 목적으로 연세대학교 대학원을 설치, 미래캠퍼스와 서울캠퍼스를 통합하여 운영하고 있다.

연세대학교 특수대학원은 다양한 분야의 전문 지식과 실무 능력을 함양하기 위해 설립된 교육기관이다. 특수대학원에서 각 분야의 심화된 교육과정을 제공하여, 재직자와 전문직 종사자들이 학업과 경력을 병행하며 전문성을 강화할 수 있도록 지원한다.